Anna Muttathupadathu sinh ngày 19 tháng 8 năm 1910 tại Kudamalloor, Kerala, Ấn Độ. Con gái ông bà Joseph và Mary Muttathupadathu. Mẹ của Anna mất sớm khi cô còn nhỏ, Anna được người dì nuôi dưởng và được sự giáo dục của ông chú là cha Joseph Muttathupadathu.
Gia đình của người dì nuôi muốn Anna phải lấy chồng sớm. Vì muốn dâng mình cho Chúa và giữ lời khấn đức khiết tịnh nên cô nhảy vào một cái giếng đốt rơm đang cháy trong mùa gặt lúa với hy vọng sẽ làm cho thân thể trở nên xấu xí khiến cho không ai muốn lấy mình làm vợ. Anna đã bị phỏng chân nặng và phải mất nhiều ngày các chỗ bị phỏng trên thân thể mới được lành và việc này khiến cho Anna đi đứng hơi khó khăn về sau.
Anna quyết chí dâng hiến tất cả cuộc đời cho Chúa Giêsu Kitô, theo gương Thánh Têrêsa thành Lisieux. Ngày 02 tháng 8 năm 1928, Anna xin gia nhập vào tu viện dòng Thánh Clara khó nghèo tại Bharananganam, lấy tên là Sơ Alphonsa của Đức Mẹ Vô Nhiễm và được tuyên khấn ngày 12 tháng 8 năm 1936.
Sức khỏe yếu kém của Anna được coi là một trở ngại cho đời sống tu trì và các bề trên đã muốn chị phải trở về nhà; nhưng sơ Alfonsa đã kiên trì trong ơn gọi và được khấn trọn năm 1936.
Dòng thánh Clara theo linh đạo của thánh Phanxicô, học cách yêu mến thánh giá vì tình yêu đối với Chúa Giêsu chịu đóng đanh, và xác tín mình tham gia vào công tác tông đồ của Giáo Hội qua đau khổ. Chị được nhiều ơn siêu nhiên, kể cả ơn nói tiếng Tamil, ngôn ngữ mà chị không hề học, và ơn thấy trước tương lai.
Chị trải qua nhiều thử thách và chịu nhiều đau khổ vì bệnh tật trong quãng đời còn lại. Mặc dù không những đau đớn thể xác tột cùng, mà còn chịu đau khổ về tinh thần khi bị người khác hiểu lầm và đánh giá sai về mình… Chị luôn chấp nhận mọi đau khổ trong thinh lặng và phó thác vào Chúa.
Chị được ghi nhận trước tiên là người biết chịu đựng nỗi đau trong lặng lẽ. Hơn thế nữa, chị đã liên tục đón nhận những đau khổ đến trong cuộc đời mình với lòng thanh thản và tín thác tuyệt đối vào Chúa. Chị xác tín rằng chính đau khổ sẽ thanh luyện con người mình, sẽ giúp mình vượt qua những ích kỷ của bản thân, và quan trọng hơn, chính đau khổ sẽ nối kết mình chặt chẽ hơn với Đức Kitô, Đấng đã chịu khổ đau.
Trong một lá thư gởi cho cha linh hướng của mình ngày 20/10/1944, Alphonsa viết: “Thưa cha, vì Đức Giêsu đã yêu thương con quá bội, con ước ao được ở lại trên giường bệnh và chịu nhiều đau khổ hơn nữa. Vì con cảm nhận rằng chính Thiên Chúa đã cho con được kết hợp với Người trong chính hiến lễ đau khổ của đời con”
Chị qua đời ngày 28 tháng 7 năm 1946 tại Bharananganam lúc mới 36 tuổi. Chị được mai táng trong nguyện đường nhà thờ Thánh Mary ở Bharananganam là nơi trở nên chốn hành hương để kính viếng và xin ơn. Nhiều phép lạ xảy ra do lời cầu bầu của sơ Alfonsa nhất là những trẻ con tại nhà trường của tu viện được chữa khỏi bệnh co rút bắp chân.
Hồ sơ xin phong Chân Phước khởi sự từ giáo phận Palai năm 1955. Đức Giáo Hoàng Gioan Phaolô II công nhận các nhân đức anh hùng và ghi tên chị vào sổ Các Đấng Đáng Kính ngày 09 tháng 11 năm 1984 và hai năm sau ngài đã tôn phong Chân Phước cho chị Đáng Kính Alphonsa của Đức Mẹ Vô Nhiễm ngày 08 tháng 2 năm 1986 trong cuộc viếng thăm tại thành phố Kottayam Ấn Độ cùng với Chân Phước Kuriakose Elias Chavara.
Đức Giáo Hoàng Benedictus XVI đã nâng sơ Alfonsa của Ấn Độ lên hàng hiển thánh ngày 12 tháng 10 năm 2008 tại quảng trường Thánh Phêrô, Vatican. Sơ Alphonsa Muttathupadathu là người nữ đầu tiên của Ấn Độ được tuyên phong hiển thánh